Le istruzioni per la numerazione e bollatura dei registri sono contenute nella risoluzione 12 marzo 2002, n. 85/E  che ha chiarito molti dubbi affermando che:

• l'imposta di bollo va assolta solo sulle pagine effettivamente utilizzate: cioè le marche vanno applicate ogni 100 pagine, oppure frazioni o multipli di cento, indipendentemente dall'anno cui si riferisce la numerazione progressiva.
•  Ogni pagina del registro a fogli mobili deve essere intestato al soggetto obbligato alla tenuta dei libri;
• Essendo venuto a mancare l'anno di riferimento di vidimazione dei registri, era immediatamente sorto il problema di quale anno indicare prima di ogni pagina. Tale dubbio è stato sciolto da detta risoluzione la quale ha puntualizzato che la numerazione deve essere effettuata progressivamente per ciascun anno con l'indicazione, pagina per pagina, dell'anno cui si riferisce.

Un ulteriore chiarimento è stato apportato dalla Circolare 1 agosto 2002, n. 64/E la quale ha evidenziato che l'anno da indicare è quello cui fa riferimento la contabilità e non quello in cui è effettuata la stampa delle pagine. Quindi, ad esempio, se la contabilità si riferisce all'anno 2002, la numerazione dei registri contabili, sarà: 2002/1, 2002/2 ecc. Secondo dei chiarimenti forniti dall'Agenzia delle entrate nella videoconferenza del 24 ottobre 2001, debbono ritenersi valide le informazioni contenute nella circolare del Ministero dell'Industria 3407/C, relativamente alla numerazione, che deve indicare l'anno solo per il libro giornale ed il libro degli inventari; mentre non è possibile utilizzare un'unica numerazione progressiva per tutta la vita dell'impresa. Qualora però il contribuente eserciti la facoltà di bollare i libri contabili, le regole da adottare, sono quelle previste dal previgente sistema. Un ulteriore chiarimento della Circolare 64/E riguarda la numerazione progressiva del libro degli inventari ritenendo che, qualora le annotazioni occupino poche pagine per ogni anno, l'indicazione dell'anno potrà essere omessa.